灵芝孢子粉可能存在一些副作用情况，不过相对较为少见。
消化系统方面
个别人群服用后可能出现胃肠道不适，如轻微的恶心、腹胀等症状，这可能与个体对其成分的耐受性差异有关。
过敏反应
少数过敏体质者可能对灵芝孢子粉中的某些成分产生过敏反应，表现为皮肤瘙痒、皮疹等，但发生概率较低。
与药物相互作用
若正在服用其他药物，灵芝孢子粉可能与部分药物产生相互作用，虽然这种情况不多见，但仍需引起注意。比如可能影响一些药物的代谢等，但具体情况因药物而异。
特殊人群需谨慎
孕妇、儿童等特殊人群服用灵芝孢子粉需格外谨慎。孕妇由于身体处于特殊生理状态，其对灵芝孢子粉的耐受性和影响尚不明确；儿童的身体机能尚未完全发育成熟，服用不当可能带来未知风险，所以这类人群一般不建议随意服用灵芝孢子粉。