灵芝孢子粉一般副作用较少，但部分人可能出现胃肠道不适，如恶心、腹胀等，也有少数人可能对其过敏，出现皮疹、瘙痒等症状。
胃肠道不适情况
个别人服用灵芝孢子粉后会出现恶心、腹胀等胃肠道反应，这可能与个体的胃肠道敏感性差异有关，有些人胃肠道较为脆弱，对灵芝孢子粉中的某些成分不耐受。
过敏反应情况
少数人可能对灵芝孢子粉中的特定成分产生过敏，表现为皮肤出现皮疹、瘙痒等症状，这是因为个体的免疫系统对灵芝孢子粉中的某些物质识别为外来抗原，从而引发过敏免疫反应。
特殊人群情况
- 孕妇：孕妇属于特殊人群，目前关于灵芝孢子粉对孕妇及胎儿的影响研究尚不充分，为避免可能存在的未知风险，孕妇应谨慎使用灵芝孢子粉。
- 儿童：儿童的身体机能尚未完全发育成熟，对药物或保健品的耐受和反应与成人不同，目前缺乏儿童服用灵芝孢子粉的安全数据，所以儿童不建议随意服用灵芝孢子粉。
- 过敏体质者：本身是过敏体质的人，在服用灵芝孢子粉前应格外谨慎，最好先进行小剂量试用，观察是否有过敏反应，若有过敏史更要高度警惕。
与药物相互作用情况
灵芝孢子粉可能与一些药物发生相互作用，比如正在服用抗凝药物的人，灵芝孢子粉具有一定的抗血小板聚集作用，可能会增加出血风险；正在服用免疫抑制剂的人，灵芝孢子粉可能会影响免疫抑制剂的疗效，所以正在服用其他药物的人群在服用灵芝孢子粉前应咨询医生，评估相互作用的可能性。