阴超一般规范操作下相对安全，但少数情况下可能存在一些情况。
操作不当可能引发感染
若操作时消毒不严格等，可能导致阴道、盆腔等部位感染，出现阴道分泌物异常、腹痛等症状。这是因为操作过程破坏了局部的防御屏障，给病菌可乘之机。
对特殊人群有一定风险
对于妊娠期尤其是孕早期的女性，操作不当可能刺激子宫，增加流产风险。因为孕早期子宫相对敏感，阴超操作可能引发宫缩等情况。而对于处女膜未破裂的女性，一般不建议进行阴超检查，以免造成处女膜损伤。
个体心理因素影响
部分人可能因对阴超检查的心理抵触，产生紧张、焦虑情绪，不过这不属于生理危害，但也会影响检查体验。