阴超一般规范操作下相对安全，但可能存在一些情况。
操作不当可能引发感染
若操作时消毒不严格，可能导致阴道、宫颈等部位感染，出现阴道分泌物异常、瘙痒、腹痛等症状。尤其本身有妇科炎症等情况的人群，感染风险相对增加，因为炎症状态下局部防御能力较弱。
对处女膜可能有损伤
对于未婚且处女膜完整的女性，操作时可能造成处女膜损伤，不过现在阴超探头设计较人性化，这种情况发生概率较低，但仍需谨慎对待。
心理层面的不适影响
部分女性因对阴超不了解，操作时可能产生紧张、焦虑情绪，这种心理不适可能会影响后续的检查体验，但这不属于生理危害，不过也需要关注。
特殊人群需特别注意
妊娠期尤其是孕早期女性进行阴超需谨慎，虽然多数安全，但有引发先兆流产等风险的极小可能，所以孕早期非必要一般不建议进行阴超检查；而对于阴道畸形、严重阴道狭窄等特殊解剖结构异常的人群，可能无法顺利进行阴超检查或会带来不适。