阴超一般规范操作下危害较小，但若操作不规范或个体特殊情况可能存在一些情况。
感染风险
若操作时消毒不严格，可能增加感染几率，尤其是本身有阴道炎症等情况的女性，操作不当可能导致炎症扩散等。对于健康女性，规范操作下感染风险极低。
阴道少量出血
检查时探头可能会对阴道、宫颈等部位有轻微刺激，部分女性可能出现少量阴道出血，一般短时间可自行恢复，通常对身体无严重影响。
心理不适
部分女性对阴超检查存在心理抵触，可能产生紧张、焦虑等情绪，但这不属于身体实质性危害，通过心理调节可缓解。
特殊人群需谨慎
孕妇尤其是孕早期女性，非必要不做阴超，以免刺激子宫引起宫缩等；有阴道畸形、严重阴道炎症急性发作期等情况的女性，做阴超需谨慎评估，避免加重病情或造成不良后果。