大豆卵磷脂一般耐受性良好，但部分人可能出现一些情况。
胃肠道不适
少数人服用后可能出现胃肠道反应，如恶心、腹胀等。这是因为个体对其成分的消化吸收反应不同，部分胃肠道较为敏感的人可能出现此类不适。
过敏反应
极少数人可能对大豆卵磷脂过敏，表现为皮疹、瘙痒、呼吸困难等。过敏体质者在接触或摄入大豆卵磷脂时，免疫系统可能将其识别为过敏原，从而引发过敏症状。
与药物相互作用
若正在服用其他药物，大豆卵磷脂可能与某些药物发生相互作用。例如，可能影响药物的吸收或代谢，但具体情况因药物而异，需在医生指导下服用，以避免潜在风险。
特殊人群需谨慎
孕妇、哺乳期女性及有特定病史的人群使用大豆卵磷脂需格外谨慎。孕妇和哺乳期女性的身体状况特殊，其对大豆卵磷脂的代谢和影响尚不明确；有肝胆疾病等病史的人群，其肝脏等器官的功能可能影响对大豆卵磷脂的处理，应在专业医生评估后决定是否使用。