大豆卵磷脂一般耐受性良好，正常使用时副作用较少，但部分人群可能出现一些不适。
胃肠道方面
少数人服用大豆卵磷脂后可能出现胃肠道不适，如轻微的腹胀、腹泻等。这是因为个体对其成分的消化吸收反应存在差异，部分人胃肠道对大豆卵磷脂的适应需要过程。
过敏反应
极个别过敏体质者可能对大豆卵磷脂过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状。过敏体质人群本身免疫系统对外界物质较为敏感，接触大豆卵磷脂后可能触发过敏反应。
与药物相互作用
若正在服用其他药物，大豆卵磷脂可能与某些药物产生相互作用。例如，可能影响一些药物的吸收或代谢，但这种情况相对较少见，不过用药人群仍需谨慎，最好在医生指导下服用，因为不同药物之间的相互作用机制复杂，个体差异较大。
特殊人群情况
孕妇、哺乳期女性以及有特定基础病史的人群需格外注意。孕妇和哺乳期女性的身体处于特殊生理状态，对大豆卵磷脂的耐受性和影响尚需更多研究明确，一般建议在医生评估后再决定是否服用；有肝胆疾病等基础病史的人群，其肝脏等器官的代谢功能可能受影响，服用大豆卵磷脂后可能加重肝脏负担或影响病情，需遵循医生的专业建议。