精子畸形率99%会在一定程度上影响怀孕。正常情况下，精子畸形率应低于96%，如果畸形率过高，可能会导致以下情况：
1.受孕困难：精子畸形率高会降低精子的质量和受精能力，从而增加受孕的难度。
2.流产风险：即使成功受孕，精子畸形也可能增加胚胎发育异常和流产的风险。
3.遗传问题：畸形精子可能携带异常基因，增加胎儿出现遗传疾病的风险。
然而，需要注意的是，精子畸形率只是评估男性生育能力的一个指标，但并不能完全确定受孕的可能性。其他因素，如精子的活力、数量和形态等，也会对受孕产生影响。
对于精子畸形率高的情况，建议及时就医，进行进一步的检查和评估。医生可能会建议采取以下措施：
1.生活方式调整：保持健康的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、减少吸烟和饮酒等，有助于提高精子质量。
2.病因治疗：如果精子畸形率高是由某些潜在疾病引起的，如精索静脉曲张、附睾炎等，需要进行相应的治疗。
3.辅助生殖技术：在某些情况下，如精子畸形严重或其他治疗方法无效，可能需要考虑辅助生殖技术，如体外受精（IVF）或卵胞浆内单精子注射（ICSI）。
每个男性的情况都是独特的，治疗方案应根据具体情况制定。在面对生育问题时，与医生进行详细的沟通和讨论非常重要。此外，保持积极的心态和耐心也是重要的，受孕过程可能需要时间和尝试。如果对生育问题有进一步的担忧或疑问，建议咨询专业的生殖医学专家。