怀孕且精子99.5%畸形，可能会对胎儿产生影响，具体情况如下：
1.精子畸形率高：精子畸形率高会影响受孕概率，即使成功受孕，也可能增加胎儿发育异常的风险。
2.胎停育或流产：精子畸形可能导致受精卵质量差，从而增加胎停育或流产的几率。
3.胎儿畸形：严重的精子畸形可能导致胎儿出现结构或功能上的畸形。
4.其他问题：精子畸形还可能与其他潜在的健康问题相关，如遗传疾病。
查处怀孕的方法有很多，以下是一些常见的方式：
1.验孕棒或早孕试纸：这是最常用的方法之一，通过检测尿液中的人绒毛膜促性腺激素（hCG）水平来判断是否怀孕。通常在预计月经来潮日期后一周左右可以进行检测，但结果可能不够准确。
2.血液检查：血液hCG检测比尿液检测更敏感，可以在受孕后较早的时间确诊怀孕。
3.B超检查：在怀孕5-6周时，B超可以看到孕囊和胎芽，确定是否为宫内妊娠，并了解胎儿的发育情况。
需要注意的是，精子畸形只是一个初步的检查结果，还需要进一步进行详细的评估和诊断。医生可能会建议进行精液分析、染色体检查等，以确定精子畸形的原因。如果存在其他健康问题或风险因素，医生会根据具体情况提供相应的建议和治疗方案。
此外，在备孕期间，夫妻双方应该保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、减少吸烟和饮酒等，以提高受孕机会和胎儿健康。如果对怀孕或精子畸形有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业的医生或生殖专家，以便获得更详细和个性化的建议。