精子畸形率99.5%会在一定程度上影响怀孕。正常情况下，精子畸形率应低于96%，若畸形精子率过高，可能会导致以下情况。
1.受孕困难：精子畸形率高会降低受孕几率。即使成功受孕，也可能增加胎儿发育异常的风险。
2.流产：畸形精子可能影响受精卵的质量，导致早期流产。
3.其他影响：精子畸形还可能与某些男性疾病相关，如精索静脉曲张、附睾炎等，这些疾病可能进一步影响男性生育能力。
如果您的精子畸形率为99.5%，建议及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会建议采取以下措施。
1.病因治疗：针对导致精子畸形的原因进行治疗，如精索静脉曲张可通过手术治疗，附睾炎可使用抗生素治疗。
2.生活方式调整：保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、避免吸烟和饮酒等，有助于提高精子质量。
3.辅助生殖技术：在某些情况下，可能需要借助辅助生殖技术，如体外受精-胚胎移植（IVF-ET）等，来提高受孕机会。
需要注意的是，精子畸形率只是评估男性生育能力的一个指标，具体情况还需结合其他因素进行综合判断。在治疗过程中，应遵循医生的建议，积极配合治疗，并定期进行复查。如果您对生育问题有进一步的担忧或疑问，建议咨询专业的生殖医学专家，以获取更详细和个性化的建议。