蛛网膜囊肿分为先天性蛛网膜囊肿和继发性蛛网膜囊肿两类。
先天性蛛网膜囊肿是由于发育期蛛网膜分裂异常所致，根据病因又可分为：
1.脑泡不连续学说：胚胎发育至3个月时，原始蛛网膜下腔开始出现，与此同时，一些发育较快的部位形成许多纤维隔，这些纤维隔将原始蛛网膜下腔分隔成许多小区，这些小区即为脑泡。如果这些脑泡在发育过程中没有与蛛网膜下腔相通，则会在脑发育完成后形成蛛网膜囊肿。
2.脑脊液动力学学说：蛛网膜下腔的脑脊液不断流动，起到了对脑组织的营养和支持作用。如果蛛网膜下腔的脑脊液流动受阻，就会导致局部蛛网膜下腔压力升高，从而形成蛛网膜囊肿。
继发性蛛网膜囊肿多因颅脑外伤、炎症等引起蛛网膜广泛粘连的结果。