医用口罩和普通三层口罩的区别在于，医用口罩符合国家强制性标准，分为医用防护口罩、医用外科口罩和一次性使用医用口罩三类，具有更好的过滤和防止病毒传播的效果；而普通三层口罩是民用级别的口罩，中间的熔喷布没有经过驻极处理，对细菌的阻隔效果有限。
医用口罩和普通三层口罩是有区别的。医用口罩需要符合国家强制性标准的相关要求，目前分为以下三类：
1.医用防护口罩：符合《医用防护口罩技术要求》GB19083—2010，重要技术指标包括非油性颗粒过滤效率和气流阻力。其特点是能够有效过滤空气中的颗粒物，并防止病毒传播。常见的医用防护口罩有N95口罩和KN95口罩等。
2.医用外科口罩：符合《医用外科口罩技术要求》YY0469—2011，主要技术指标包括过滤效率、细菌过滤效率和呼吸阻力。与普通口罩相比，医用外科口罩的过滤效果更好，可以阻挡血液、体液和分泌物的喷溅，适用于临床医务人员在有创操作过程中佩戴。
3.一次性使用医用口罩：通常由三层组成，外层为阻水层，中层为过滤层，内层为吸湿层。符合相关注册产品标准（YZB/XXXXX-XXXX），一般缺少对颗粒和细菌的过滤效率要求，或者对颗粒的过滤效率要求低于医用外科口罩和医用防护口罩。
普通三层口罩，是民用级别的口罩，与一次性使用医用口罩结构相同，只是中间使用的熔喷布，是没有经过驻极处理的普通熔喷布，只有飞沫的阻隔效果，对细菌有短时间的阻隔效果，因没有电荷之间的吸附力，在吸气时细菌会随着压差进入体内。