三叉神经痛的原因主要有以下几点：
1.神经病变：三叉神经痛可能与神经脱髓鞘改变有关，使三叉神经感觉根或半月节或三叉神经周围支受到压迫或损害，导致脱髓鞘的轴索发生变性，神经纤维之间发生短路，轻微的触觉刺激即可通过短路传入中枢，而中枢的传出冲动也可再通过短路成为传入冲动，达到痛觉神经元的阈值，从而引起疼痛。
2.血管压迫：三叉神经根受到血管的压迫是引起三叉神经痛的主要原因之一。小脑上动脉、基底动脉及其分支等均可压迫三叉神经根，导致神经缺血、变性，从而引起疼痛。
3.感染：如疱疹和带状疱疹感染，可累及三叉神经半月节和面神经，局部皮肤可有潮红、肿胀及剧烈疼痛，带状疱疹病毒可引起面部皮肤麻木、感觉过敏、眼结合膜充血、流泪及额部皮肤带状疱疹，数日后疱疹干燥结痂，部分患者可遗有面部麻木及痛觉过敏。
4.神经源性学说：三叉神经痛的发生可能与三叉神经脊束核内的神经元病变有关。
5.中枢病变：三叉神经脊束核丘脑及大脑皮质均可因周围病变刺激及中枢本身的伤害性刺激，而导致三叉神经痛。
6.遗传：在某些病例中，三叉神经痛可能与遗传因素有关。
7.其他原因：如头面部外伤、三叉神经分布区的炎性病灶、牙源性炎症、中毒、疲劳、紧张、内分泌紊乱等也可能导致三叉神经痛的发生。