卵巢巧克力囊肿的最佳治疗办法主要包括以下几种：
1.药物治疗：
口服避孕药：通过抑制排卵、减少月经量，缓解痛经等症状。
孕激素：可使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩，缓解病情。
GnRH激动剂：可抑制垂体分泌FSH和LH，导致卵巢激素水平下降，出现暂时性闭经，使异位内膜萎缩。
2.手术治疗：
保守性手术：保留生育功能，只切除卵巢内的异位病灶，松解盆腔粘连，术后需配合药物治疗。
半根治性手术：切除子宫及病灶，但卵巢功能会受到一定影响。
根治性手术：切除双侧附件及子宫，可避免复发，但会导致卵巢功能早衰。
3.中医治疗：
中药调理：根据个体情况，采用活血化瘀、软坚散结等中药方剂进行调理。
针灸疗法：通过针刺穴位，调整气血、平衡阴阳，缓解症状。
需要注意的是，治疗方法的选择应根据患者的年龄、症状、生育需求、囊肿大小等因素综合考虑。在治疗过程中，患者应积极配合医生，注意休息，保持良好的生活习惯，定期复查。如果症状加重或出现其他异常，应及时就医。此外，对于有生育需求的患者，应尽量在疾病早期进行治疗，以提高受孕机会。