三个月没有来月经的原因可能是内分泌失调、妊娠、多囊卵巢综合征等，以下是具体分析：
1.内分泌失调：
原因：如果女性长期处于压力过大、精神紧张或过度节食的状态，可能会导致内分泌失调，从而影响月经周期。此外，一些疾病，如甲状腺功能减退症、高泌乳素血症等，也可能导致内分泌失调，引起月经紊乱。
症状：除了月经失调，还可能伴有情绪波动、乳房胀痛、面部痤疮、体重增加等症状。
治疗：如果是内分泌失调引起的月经紊乱，通常需要调整生活方式，如保持良好的作息习惯、均衡饮食、缓解压力等。对于症状较为严重的患者，可能需要使用药物进行治疗，如孕激素、雌激素等。
2.妊娠：
原因：如果女性有性生活，且没有采取有效的避孕措施，月经推迟三个月，首先需要考虑妊娠的可能。
症状：除了停经，还可能伴有恶心、呕吐、乳房胀痛、尿频等症状。
检查：可以通过自行购买验孕棒或早孕试纸进行检测，也可以到医院进行血HCG（人绒毛膜促性腺激素）检查，以明确是否怀孕。
处理：如果确认怀孕，需要及时到医院进行产前检查，了解胎儿的发育情况。如果不打算继续妊娠，可以选择人工流产或药物流产等方式终止妊娠。
3.多囊卵巢综合征：
原因：多囊卵巢综合征是一种常见的内分泌代谢性疾病，可能与遗传、环境等因素有关。主要临床表现为月经失调、雄激素水平过高、胰岛素抵抗等。
症状：除了月经紊乱，还可能伴有多毛、痤疮、肥胖、不孕等症状。
检查：需要进行性激素六项、B超等检查，以明确诊断。
治疗：治疗方法包括调整生活方式、药物治疗、手术治疗等。常用的药物有达英-35、二甲双胍等。对于病情较为严重的患者，可能需要进行腹腔镜卵巢打孔术或卵巢楔形切除术等手术治疗。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，三个月没有来月经还可能有其他原因，如卵巢早衰、子宫内膜异位症等。因此，如果出现月经紊乱的情况，建议及时到医院就诊，进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。此外，对于青春期或更年期的女性，如果出现月经紊乱，需要特别关注，因为这些时期的月经紊乱可能与生理或病理变化有关。