12岁女孩内裤上有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.生理现象：如果女孩正处于发育期，可能是因为体内激素水平变化，导致子宫内膜脱落，从而出现褐色分泌物。这种情况通常不需要特殊处理，注意保持局部清洁即可。
2.感染：如果女孩不注意个人卫生，可能会导致细菌、病毒等感染，引起外阴炎、阴道炎等疾病，从而出现褐色分泌物，还可能伴有异味、瘙痒等症状。家长可以带女孩就医，进行相关检查，如白带常规等，以明确诊断，并在医生的指导下使用抗生素等药物进行治疗。
3.创伤：如果女孩内裤上的褐色分泌物是在剧烈运动或受到外力撞击后出现的，可能是因为会阴部受伤，导致局部血管破裂出血。这种情况一般出血量较少，会逐渐自行停止。家长可以先观察女孩的情况，如果出现出血量增多、持续时间较长等异常情况，应及时就医。
4.其他：子宫内膜息肉、子宫肌瘤等疾病也可能导致女孩内裤上有褐色分泌物。
需要注意的是，12岁女孩内裤上有褐色分泌物的原因较为复杂，如果家长发现女孩出现这种情况，应及时带其就医，进行相关检查，以明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意女孩的个人卫生，教导其养成良好的生活习惯。