12岁女生内裤上有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.幼女阴道炎：如果女生平时不注意外阴清洁，或其家长患有滴虫性或霉菌性阴道炎，就可能通过密切接触传染给女生，导致幼女阴道炎，出现阴道分泌物异常，呈脓性，并伴有臭味。
2.排卵期出血：一般发生在规律的月经周期的第12～16天，历时数小时或2～3天，出血量明显少于正常月经出血量，有时可伴有下腹疼痛或不适。
3.其他：如果女生在12岁时已经来月经初潮，那么此次内裤上有褐色分泌物可能是月经即将来潮的表现；如果女生误食含有激素的食物或药物，也可能导致这种情况。
如果女生出现这种情况，家长应及时带其就医，进行相关检查，如白带常规、B超等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意保持女生的外阴清洁，每天用温水清洗外阴，勤换内裤，避免穿紧身裤。