12岁女孩内裤上有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.幼女阴道炎：如果女孩的内裤没有及时更换，或外阴部受到污染，可能会导致细菌感染，引起幼女阴道炎，出现阴道分泌物增多、颜色异常等症状。
2.排卵期出血：如果女孩正处于排卵期，体内激素水平会发生变化，可能会导致少量子宫内膜脱落，引起阴道出血，表现为内裤上有褐色分泌物。
3.来月经：12岁女孩正处于青春发育期，下丘脑-垂体-卵巢轴的功能尚未完全发育成熟，可能会出现月经不规律的情况，如月经量多或少、月经周期长短不一等。
4.其他：如果女孩误食含有激素的食物或药物，或患有其他疾病，如子宫内膜息肉、子宫肌瘤等，也可能会导致内裤上有褐色分泌物。
需要注意的是，由于引起褐色分泌物的原因较多，且部分情况可能较为严重，因此建议家长及时带女孩就医，进行相关检查，如白带常规、B超等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意女孩的外阴部清洁卫生，每天用温水清洗外阴，勤换内裤，避免感染。