药流第三天在医院的流程一般如下：
1.服药：在药流第三天，需要在医院服用米索前列醇等药物，以促进子宫收缩和孕囊排出。
2.观察：服药后，需要在医院观察一段时间，以确保孕囊排出完整，以及观察身体有无异常反应。
3.清宫：如果孕囊排出不完整，或者出现大量出血等异常情况，可能需要进行清宫手术。
4.休息：药流后需要休息一段时间，避免过度劳累和剧烈运动，同时要注意个人卫生，保持外阴清洁。
需要注意的是，药流第三天在医院的流程可能因医院和个人情况而异，具体流程请以医院安排为准。同时，药流也存在一定的风险，如药流不全、大出血等，因此需要在医生的指导下进行，并严格遵守注意事项。