重叠综合征的预后均决定于其类型。Ⅰ型重叠综合征5年生存率30%,较单一系统性红斑狼疮5年生存率(大于70%)明显减低。其死亡原因主要为心血管并发症及中枢神经系统损害,死于肾衰者较少。Ⅲ型重叠综合征的预后决定于以哪一种结缔组织病为主。Ⅱ型综合征以MCTD为代表,预后较好。
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重叠综合征的病因尚不清楚,主要与免疫功能异常、环境因素和遗传背景等相关。发病机制还不清楚,可能是一种结缔组织病向另一种结缔组织病转化的过程。