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根据巩膜或角巩膜缘组织刮片染色的细菌类型及时而正确地使用抗生素。若有角巩膜炎，应积极长期进行治疗。严重病例酌情口服、结膜下注射或静脉注射抗生素。
万古霉素、青霉素、头孢菌素类、阿卡米星、磺苄西林、羧苄西林、妥布霉素等。
由于抗生素只能部分，甚至微量渗入胶原纤维形成的巩膜壁边界，细菌性巩膜炎的预后较差。
