由于肠系膜动脉瘤易并发出血或栓塞远端动脉引起肠供血障碍，因此，一旦确诊，应尽早手术。

手术治疗原则是切除动脉瘤，重建肠系膜血管，恢复肠道血供。

肠系膜上动脉主干动脉瘤因其解剖及生理特点，治疗颇为棘手，动脉瘤切除、血管再重建为最佳手术方式。仅有1/3的肠系膜上动脉瘤病例采用动脉瘤近远端血管结扎后不需作肠切除，因此在切除动脉瘤的同时必须重建血供，一般采用自体大隐静脉间位或旁路移植的方法。

对于肠系膜下动脉瘤，争取切除后一期重建血供。如果手术困难，同时侧支循环好，也可予以结扎。

对于肠系膜动脉分支动脉瘤，若术前评估侧支循环良好，可切除动脉瘤或作动脉瘤远近端动脉结扎术；若侧支循环不足，则需将动脉瘤及该动脉血供肠段一并切除。

介入治疗仍然是重要的微创治疗手段。对于分支较少的部位可以考虑放置覆膜支架隔绝动脉瘤。对于侧支多的部位，如果无法进行手术治疗，可选择进行裸支架治疗，使瘤体内缓慢形成血栓，同时增加侧支循环，保证小肠供血。