小肠绒毛状腺瘤有30%～50%的癌变率，管状腺瘤的癌变率为3%～8%，小肠腺瘤亦可发生套叠和出血，故治疗上以手术切除为宜。

带蒂者可做小肠壁楔形切除；较大而无蒂或因肠套叠致肠管血运不良者，可做肠切除吻合术。十二指肠腺瘤可于内镜下行腺瘤切除，十二指肠乳头部的腺瘤局部切除后需做胆总管和胰管的引流，对已经恶变的十二指肠绒毛状腺瘤应考虑做胰头十二指肠切除术。对于PJS的治疗，目前尚有争论。