肛周脓肿最好的治疗方法是手术切开引流，多数患者通过手术可有效缓解症状。一般来说，确诊肛周脓肿后，若脓肿形成，应尽早进行手术，通常在发病后1周内手术效果较好。
手术治疗方式
低位肛周脓肿： 多采用肛周脓肿切开引流术，直接切开脓肿，排出脓液，手术相对简单，术后恢复相对较快。高位肛周脓肿： 常需行挂线疗法，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开脓肿，避免一次性切断肛门括约肌导致肛门失禁。挂线疗法一般需要10 - 14天左右脱落，期间需定期复查调整挂线。
非手术治疗情况
早期脓肿未形成时： 可先尝试抗生素治疗，根据脓液细菌培养和药敏试验结果选择敏感抗生素。比如可选用头孢类抗生素等，但抗生素治疗只能暂时控制炎症，部分患者可能炎症能得到一定控制，但多数最终仍需手术。一般抗生素治疗观察2 - 3天，若症状无改善或加重，仍需手术。免疫力低下患者： 对于糖尿病等免疫力低下合并肛周脓肿的患者，在积极控制血糖等基础疾病的同时，可先尝试保守治疗，但也要密切观察病情变化，一旦脓肿有扩大趋势，需及时手术。
术后护理要点
创面清洁： 术后要保持肛周创面清洁，可每天用温水坐浴，一般建议便后及睡前各坐浴一次，每次15 - 20分钟，促进创面愈合，减少感染机会。饮食调整： 术后需注意饮食，多吃富含纤维素的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免大便干结刺激创面。一般每天保证摄入蔬菜500克左右、水果200克左右，防止便秘影响伤口恢复。同时要避免吃辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等，减少对创面的刺激。