川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素有关。目前认为川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染因素触发机体的异常免疫反应所引起。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发病有关，比如逆转录病毒、柯萨奇病毒等。不过具体的病毒如何引发川崎病的详细机制还在进一步探索中，但病毒感染被认为是可能的触发因素之一。细菌感染： 部分研究发现，某些细菌感染也可能和川崎病的发生存在关联，像链球菌等细菌感染，但目前还没有确凿证据表明是直接的因果关系，只是发现了可能的相关性。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患儿体内的免疫系统会出现异常激活的情况。例如，T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会发生异常的免疫反应，导致机体产生大量的细胞因子和炎症介质，从而引起全身血管的炎症反应，这是川崎病病理过程中的重要环节。自身免疫反应： 机体的自身免疫反应在川崎病发病中也起到作用。免疫系统错误地攻击自身血管组织，使得血管出现炎症损伤，进而影响到全身多个系统的血管，包括冠状动脉等重要血管。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究表明，川崎病具有一定的遗传易感性。有家族聚集性的现象被发现，也就是说如果家族中有亲属患过川崎病，那么其他家庭成员患川崎病的风险可能会相对增高。不过具体的遗传机制还不十分清楚，可能涉及多个基因的变化与相互作用，但目前已经发现了一些与川崎病发病相关的基因位点存在差异。