川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素有关。目前认为川崎病可能是在某些特定遗传背景的个体中，由感染因素触发了异常的免疫反应所导致。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发病有关，比如逆转录病毒、EB病毒等。不过具体的感染机制还不十分清晰，只是发现病毒感染可能是触发川崎病免疫反应的一个诱因。细菌感染： 部分研究推测某些细菌感染也可能参与其中，但同样还需要更多的证据来明确具体的关联。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患者的免疫系统会出现异常激活的情况。身体内的淋巴细胞等免疫细胞会被过度激活，释放出大量的细胞因子等炎症介质，从而导致全身血管的炎症反应，出现发热、皮疹、手足硬性水肿等一系列川崎病的典型症状。例如患者体内的白细胞介素 - 6等炎症因子水平会明显升高。免疫复合物形成： 异常的免疫反应还可能导致免疫复合物在血管壁沉积，进一步加重血管的炎症损伤，影响血管的正常结构和功能。
遗传因素相关
遗传易感性： 川崎病具有一定的遗传易感性，有研究发现某些基因的突变或多态性可能增加个体患川崎病的风险。比如一些与免疫调节相关的基因，若存在特定的变异，就可能使个体更容易在感染等因素刺激下发生川崎病的异常免疫反应。不过目前对于具体是哪些基因以及如何通过遗传因素影响川崎病的发病机制还在进一步的研究探索中。