川崎病的病因目前还不十分明确，但研究认为可能与以下因素有关。目前并没有确切的某一种特定因素能完全解释川崎病的引起，而是考虑多种因素综合作用。
感染因素相关
病毒感染： 有研究发现，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒、疱疹病毒等。不过具体哪种病毒以及如何引发川崎病还在进一步研究中。例如，某些疱疹病毒感染后，可能会引发身体的免疫反应异常，从而增加患川崎病的风险，但这一机制还需要更多的科学证据来支撑。细菌感染： 部分研究提示，链球菌等细菌感染也可能参与川崎病的发病过程。不过细菌感染引发川崎病的具体方式还不清晰，可能是细菌感染后刺激了免疫系统，导致免疫系统出现过度的免疫应答，进而攻击自身血管等组织，引发川崎病相关的一系列症状。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患儿的免疫系统会出现异常激活的情况。正常情况下，免疫系统会识别外来的病原体等异物并进行针对性防御，但在川崎病患儿体内，免疫系统会错误地攻击自身的血管内皮细胞等组织。例如，T淋巴细胞等免疫细胞会被异常激活，释放出大量的细胞因子等物质，这些物质会引起血管的炎症反应，导致血管壁受损、扩张等一系列病理改变。遗传易感性： 有一定的证据表明，川崎病的发生可能与遗传因素有关。某些特定的基因变异可能会使个体更容易患上川崎病。比如，某些免疫相关基因的突变可能会影响免疫系统的正常功能，使机体在面对外界因素时更易发生川崎病那样的免疫异常反应。不过，遗传因素并不是唯一的致病因素，只是增加了患病的可能性，还需要环境等其他因素的共同作用才会引发川崎病。
其他可能因素
环境因素： 环境中的一些因素也可能对川崎病的发生有影响。比如，某些化学物质的接触、居住地区的差异等。不过目前关于环境因素与川崎病的具体关联还需要更多大规模的研究来明确。例如，生活在某些污染较为严重地区的儿童，是否因为接触了更多的有害化学物质而增加了患川崎病的风险，还需要进一步深入探究。个体差异： 不同个体之间存在的差异，比如个体的体质、营养状况等也可能与川崎病的发生有关。体质较弱、营养不均衡的儿童可能相对更容易受到各种因素的影响，从而增加患川崎病的几率。但这也不是绝对的，只是个体差异在川崎病发病中可能起到一定的作用。