非淋菌性尿道炎主要是由沙眼衣原体、解脲脲原体等病原体引起的。其中沙眼衣原体感染所致的非淋菌性尿道炎约占30%~50%，解脲脲原体感染也较为常见。
病原体种类
沙眼衣原体： 这是一种严格细胞内寄生的微生物，它会附着并侵入人体尿道上皮细胞，引发炎症反应。解脲脲原体： 属于支原体的一种，常寄生于人体泌尿生殖道，当人体免疫力下降等情况时，就容易大量繁殖导致发病。
传播途径
性接触传播： 这是非淋菌性尿道炎的主要传播方式。与患有非淋菌性尿道炎的患者进行无保护的性行为，如性交、口交等，很容易被感染。在性活跃的人群中，尤其是没有采取安全防护措施的年轻人，感染风险较高。母婴传播： 孕妇如果感染了非淋菌性尿道炎，在分娩过程中，胎儿通过产道时可能会感染沙眼衣原体等病原体，从而引起新生儿结膜炎或肺炎等疾病。
自身因素影响
免疫力低下： 当人体的免疫力处于较低水平时，比如长期患有慢性疾病、过度劳累、长期使用免疫抑制剂等情况，身体对病原体的抵御能力减弱，就更容易受到沙眼衣原体、解脲脲原体等病原体的侵袭，引发非淋菌性尿道炎。例如，患有艾滋病的患者，由于免疫系统严重受损，感染非淋菌性尿道炎的几率会大大增加。局部卫生不良： 不注意生殖器部位的清洁卫生，会使病原体更容易在局部滋生繁殖。比如，不经常清洗外阴、不勤换内裤等，都可能增加感染非淋菌性尿道炎的可能性。尤其是男性，如果包皮过长，更容易藏污纳垢，增加感染风险。