容易口舌生疮的原因有多种。一般来说，约40% - 60%的口舌生疮与维生素缺乏有关，尤其是维生素B₂缺乏。
维生素缺乏导致
维生素B₂缺乏：当人体缺乏维生素B₂时，就容易出现口舌生疮的情况。比如长期饮食不均衡，不爱吃蔬菜水果的人，很容易缺乏维生素B₂，从而引发口舌部位的黏膜损伤，出现溃疡等生疮表现。叶酸缺乏：叶酸缺乏也可能导致口舌生疮。叶酸在人体的细胞代谢等过程中起着重要作用，缺乏时会影响黏膜的正常修复，使得口舌部位容易出现生疮症状。
口腔局部刺激因素
机械性刺激：牙齿有锐利的边缘、残根、残冠等，长期摩擦口腔黏膜，就容易导致口舌生疮。例如，有蛀牙未及时处理，残留的尖锐牙体组织会不断摩擦舌头或口腔黏膜，时间一长就会引起局部的创伤性溃疡。化学性刺激：长期使用某些刺激性较强的牙膏、漱口水，或者误食腐蚀性物质等，都可能刺激口舌部位的黏膜，引发生疮。比如使用了不适合自己口腔情况的刺激性较强的牙膏，连续使用一段时间后，可能会出现口舌生疮现象。
全身性疾病影响
免疫系统疾病：像白塞病，这是一种慢性自身免疫性疾病，会累及口腔、眼部、生殖器等部位，患者常常会出现反复的口舌生疮，同时可能伴有眼部炎症、生殖器溃疡等表现。内分泌紊乱：女性在月经前后，由于体内雌激素水平的变化，可能会出现内分泌紊乱，进而容易发生口舌生疮。比如有些女性在月经前期，会发现口舌部位开始出现溃疡等生疮症状。甲状腺功能亢进患者，由于代谢紊乱等原因，也可能出现口舌生疮的情况。