目前并没有所谓的“特效药”能完全针对胃窦炎一蹴而就。胃窦炎的治疗需根据具体病因等综合用药。一般来说，常用的药物有抑酸剂、胃黏膜保护剂等。比如质子泵抑制剂中的奥美拉唑，能抑制胃酸分泌，常用剂量下可缓解胃窦炎相关的反酸、烧心等症状，但具体使用需遵医嘱。
抑酸剂的应用
质子泵抑制剂：像奥美拉唑、兰索拉唑等都属于质子泵抑制剂，它们能强力抑制胃酸分泌，可有效减轻胃酸对胃窦黏膜的刺激，一般疗程可能在1 - 2周左右，能改善胃窦炎引发的不适。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁、法莫替丁等，通过阻断H₂受体来减少胃酸分泌，对缓解胃窦炎导致的胃痛、反酸等有一定作用，但效果相对质子泵抑制剂稍弱些。
胃黏膜保护剂的使用
铝碳酸镁：它可以中和胃酸，还能在胃黏膜表面形成保护膜，阻挡胃酸、胆汁等对胃窦黏膜的损伤，通常服用后能较快缓解胃部不适，而且安全性较好，适合多种胃窦炎患者使用。枸橼酸铋钾：能在胃内形成保护层，同时还能抑制幽门螺杆菌，对于伴有幽门螺杆菌感染的胃窦炎患者，配合其他药物使用效果更佳，但要注意不能长期大量服用，以免引起铋中毒。
针对病因的药物
幽门螺杆菌感染相关：如果胃窦炎是由幽门螺杆菌感染引起的，常需要联合用药，比如质子泵抑制剂+铋剂+两种抗生素（如阿莫西林+克拉霉素），进行10 - 14天的疗程治疗来根除幽门螺杆菌，从而从病因上改善胃窦炎状况。非甾体抗炎药等因素相关：如果是因服用非甾体抗炎药等导致的胃窦炎，首先要停用相关药物，然后可使用上述的抑酸剂、胃黏膜保护剂等来促进胃窦黏膜修复。