胃窦炎并没有特定的“特效药”，治疗通常是根据病情综合用药。一般会用到抑制胃酸分泌的药物，比如质子泵抑制剂，像奥美拉唑，它能有效减少胃酸分泌，缓解胃窦炎引起的烧心、反酸等症状，通常每天服用1 - 2次；还有H₂受体拮抗剂，如雷尼替丁，也是通过抑制胃酸来发挥作用。
抑制胃酸分泌药物
质子泵抑制剂： 除了奥美拉唑，还有兰索拉唑等。兰索拉唑同样能强效抑制胃酸分泌，对于胃窦炎导致的胃部不适有较好的缓解作用，一般每日服用1次即可。H₂受体拮抗剂： 除了雷尼替丁，法莫替丁也属于这类药物。法莫替丁可以持续抑制胃酸分泌，作用时间较长，能为胃窦炎的修复创造相对稳定的环境。
保护胃黏膜药物
铝碳酸镁： 它可以中和胃酸，同时在胃黏膜表面形成一层保护屏障，防止胃酸、胆汁等对胃窦黏膜的进一步损伤。比如在饭后1 - 2小时或睡前服用，能起到保护胃黏膜的作用。硫糖铝： 硫糖铝能与胃黏膜的蛋白质结合形成保护膜，促进胃黏膜的修复。通常需要在饭前1小时左右服用，这样能更好地在胃内形成保护。
抗感染药物
如果胃窦炎是由幽门螺杆菌感染引起的，就需要使用抗感染药物。常用的是抗生素联合方案，比如阿莫西林联合克拉霉素。不过抗生素的使用需要严格遵循医嘱，因为要根据患者的具体情况以及耐药情况等来选择合适的抗生素组合，并且要注意用药的疗程等问题，一般疗程可能在10 - 14天左右。