鼻窦炎并没有绝对的“特效药”，需根据病情类型等选择合适药物。一般来说，常用的药物有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。比如急性细菌性鼻窦炎可能会用到抗生素，而慢性鼻窦炎可能会综合使用多种药物。
抗生素类药物
细菌性鼻窦炎常用：如果是细菌感染引起的鼻窦炎，常用青霉素类如阿莫西林等抗生素。不过要注意，青霉素过敏者不能使用。一般使用时间可能在10天左右，但具体需遵医嘱。慢性鼻窦炎伴急性发作：也可能会用到头孢类抗生素，如头孢克肟等，使用时同样要关注过敏情况。
鼻用糖皮质激素
减轻鼻腔炎症：糠酸莫米松鼻喷雾剂就是常用的鼻用糖皮质激素，它能减轻鼻腔炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。一般成人及12岁以上儿童常用剂量是每个鼻孔各喷1次，每天1次。但2岁以下儿童使用需谨慎，应在医生指导下使用。儿童适用情况：对于6 - 11岁儿童，每个鼻孔各喷1次，每天1次；2 - 5岁儿童，每个鼻孔各喷1次，每天1次，但要在医生监护下使用。
黏液促排剂
促进黏液排出：桉柠蒎肠溶软胶囊属于黏液促排剂，它可以促进鼻窦分泌物排出，改善鼻窦通气。成人一般是一次0.3克，一天3 - 4次。儿童用药需根据体重等情况调整，比如儿童按体重计算，一日每公斤体重0.12克，分3 - 4次服用，同样需在医生指导下使用。
抗过敏药物
过敏性因素导致的鼻窦炎：如果鼻窦炎是过敏因素引发，常用氯雷他定片等抗组胺药物。成人及12岁以上儿童常用剂量是一天10毫克；2 - 12岁儿童，体重>30公斤时，一天10毫克，体重≤30公斤时，一天5毫克。使用这类药物时要注意可能出现的嗜睡等不良反应，司机等需要保持清醒的人群要留意。