结肠炎的治疗药物需根据类型选择，比如溃疡性结肠炎常用氨基水杨酸制剂等，一般来说，氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪较为常用，约有大部分患者使用后能改善症状。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪： 可以作用于肠道炎症部位，抑制炎症介质的产生，对轻、中度的溃疡性结肠炎有较好的治疗作用，能缓解腹泻、腹痛等症状。柳氮磺吡啶： 也是常见的氨基水杨酸制剂，在肠道内分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸，5 - 氨基水杨酸发挥抗炎作用，对溃疡性结肠炎有一定疗效，但部分患者可能会出现恶心、呕吐等胃肠道不适。
糖皮质激素
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中、重度溃疡性结肠炎患者可使用。它能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等。氢化可的松： 可用于急性发作期的重度结肠炎患者，一般通过静脉给药，能迅速缓解症状，但同样需注意长期使用的不良反应。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的患者，起效相对较慢，通常需要数月才能看到效果。使用过程中要定期监测血常规等指标，因为可能会引起白细胞减少等不良反应。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于结肠炎的维持治疗，使用时也需关注血液系统等方面的不良反应。
生物制剂
英夫利昔单抗： 对于重度且对传统治疗药物无效的结肠炎患者可以考虑使用。它是一种靶向肿瘤坏死因子 - α的生物制剂，能特异性地结合肿瘤坏死因子 - α，发挥抗炎作用，但使用前需要进行严格的筛查，排除结核等感染性疾病，且可能会增加感染等风险。