结肠炎的治疗药物需根据类型选择，一般来说，常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。比如氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪，对于轻中度结肠炎有较好疗效。
氨基水杨酸制剂类
5-氨基水杨酸制剂：这类药物是治疗轻中度结肠炎的常用药，能抑制肠道炎症反应。像美沙拉嗪，可通过在肠道局部发挥作用来减轻炎症，适用于溃疡性结肠炎等类型的结肠炎。柳氮磺胺吡啶：也是常见的氨基水杨酸制剂，不过它可能会引起一些不良反应，如恶心、呕吐等，而且对磺胺过敏者不能使用。
糖皮质激素
泼尼松：属于全身用的糖皮质激素，对于重度结肠炎患者可能会用到。它能快速减轻炎症反应，但长期使用会有较多副作用，比如骨质疏松、免疫力下降等。布地奈德：相对来说是局部作用的糖皮质激素，主要作用于肠道局部，全身副作用相对较小，适用于左半结肠型结肠炎等情况。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：可用于氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的结肠炎患者。它通过抑制免疫系统来发挥作用，但起效比较慢，一般需要数周甚至数月才能看到效果，而且可能会有骨髓抑制等不良反应。巯嘌呤：与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于结肠炎的治疗，同样要注意可能出现的血液系统等方面的不良反应。
生物制剂
英夫利西单抗：对于重度且对传统治疗无效的结肠炎患者可能会使用。它是一种靶向肿瘤坏死因子 - α的生物制剂，能特异性地结合肿瘤坏死因子 - α，从而发挥抗炎作用，但使用前需要进行严格的评估，并且可能会有感染等风险。