反复口腔溃疡的原因有多种，其中约20%的人群可能是由免疫系统问题引发，比如白塞病就常表现为反复口腔溃疡。
一、局部创伤因素
口腔咬伤或擦伤： 比如吃饭时不小心咬到口腔内壁，或者被尖锐的食物刮伤，就容易形成口腔溃疡，这种情况在进食粗糙食物后较易出现。牙套等器具刺激： 如果佩戴牙套、矫正器等口腔器具不合适，长时间摩擦口腔黏膜，也会导致反复口腔溃疡，尤其是佩戴初期更容易发生。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当体内缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸等时，就容易引发口腔溃疡。比如长期挑食、节食的人，就可能出现维生素摄入不足的情况，有研究显示约30%的复发性口腔溃疡患者存在维生素缺乏现象。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与反复口腔溃疡有关。例如锌参与人体多种代谢过程，缺乏锌时会影响伤口愈合，从而导致口腔溃疡反复出现。
三、系统性疾病因素
消化道疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等消化道疾病时，会影响营养物质的吸收，进而增加口腔溃疡的发生风险。比如有胃溃疡的患者，往往同时伴随维生素和微量元素吸收障碍，容易反复长口腔溃疡。内分泌紊乱： 女性在月经周期、妊娠期等特殊时期，体内激素水平变化较大，容易出现内分泌紊乱，从而引发反复口腔溃疡。比如有些女性在月经前口腔溃疡会加重，就是因为激素变化影响了口腔黏膜的状态。