肝血管瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是先天性发育异常，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致血管内皮细胞异常增殖，从而形成肝血管瘤，有研究显示部分肝血管瘤患者从胚胎时期就存在血管发育的潜在问题。
先天性发育异常相关
血管内皮细胞异常增殖： 在胚胎发育阶段，肝脏的血管内皮细胞在增殖过程中出现了异常情况，使得局部血管内皮细胞过度聚集，逐渐形成瘤样结构。这种先天性的血管发育异常是导致肝血管瘤的一个重要内在因素，目前通过对胚胎发育过程的研究发现了这一潜在关联。血管形成因子异常： 胚胎时期体内一些与血管形成相关的因子出现异常，影响了血管的正常发育。例如某些生长因子的表达失衡，使得血管在发育过程中不能按照正常的规律形成，进而促使肝血管瘤的发生。
激素影响方面
女性激素的作用： 临床上发现，肝血管瘤在女性中的发病率相对较高，尤其是在青春期、妊娠期等女性激素水平变化较大的时期，肝血管瘤可能会增大。这提示女性激素可能对肝血管瘤的发生发展有一定影响。有统计数据表明，在女性人群中，肝血管瘤的患病率相对男性稍高一些，可能与女性体内的雌激素等激素水平变化有关。雌激素的刺激： 雌激素可能会刺激肝内血管内皮细胞的增殖，从而促进肝血管瘤的形成或使原有血管瘤增大。当女性体内雌激素水平波动时，这种刺激作用可能更为明显，这也是女性肝血管瘤相对高发的一个推测性因素。
其他可能因素
肝血管感染： 有研究推测，肝内局部血管感染可能会影响血管的结构和功能。当肝脏局部发生血管感染后，可能会导致血管壁的损伤，进而引起血管的异常增生，最终形成肝血管瘤。不过目前这方面的证据还需要进一步的大量研究来证实，但也是肝血管瘤可能的相关因素之一。肝脏局部组织变性： 肝脏局部组织发生变性，例如肝组织的某些代谢异常等情况，可能会影响血管的正常状态。当局部组织变性后，可能会干扰血管的正常发育和维持，使得血管出现异常的增殖和扩张，从而形成肝血管瘤。