肝血管瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是先天性发育异常，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致血管内皮细胞异常增殖，从而形成肝血管瘤，有研究发现约10%的肝血管瘤患者有家族史倾向。
先天性发育异常因素
血管形成因子与抑制因子失衡： 在胚胎发育时期，体内血管形成因子和抑制因子的平衡被打破，血管形成因子相对增多，就容易促使血管内皮细胞异常增殖，进而引发肝血管瘤。例如在胚胎早期的血管生成阶段，这种失衡情况若出现，就为肝血管瘤的形成埋下了隐患。胚胎期血管分化异常： 胚胎时期，肝脏的血管分化出现异常，原本应该有序分化形成正常血管结构的过程发生紊乱，使得局部血管内皮细胞过度增生，逐渐聚集形成肝血管瘤。
激素因素
女性激素影响： 女性体内的雌激素等激素可能对肝血管瘤的发生有一定影响。研究发现，女性肝血管瘤患者相对较多，尤其是在青春期、妊娠期等雌激素水平变化较大的时期，肝血管瘤可能会增大。这是因为雌激素可能会刺激肝内血管内皮细胞的增殖，从而促进肝血管瘤的形成或生长。比如妊娠期女性，由于体内雌激素水平大幅升高，部分原本较小的肝血管瘤可能会在孕期有所增大。口服避孕药的影响： 长期口服避孕药的女性，患肝血管瘤的风险可能会增加。避孕药中的激素成分可能会干扰体内正常的激素平衡，对肝脏血管产生作用，导致血管内皮细胞异常反应，增加肝血管瘤发生的几率。
其他因素
肝毛细血管感染后变形： 肝脏局部的毛细血管在受到感染等因素影响后发生变形，使得血管的结构和功能出现异常，也可能导致肝血管瘤的形成。比如肝脏某部位的毛细血管受到细菌或病毒感染后，其内皮细胞的形态和功能改变，逐渐发展为肝血管瘤。肝脏末梢血管畸形： 肝脏的末梢血管出现畸形情况，使得血管的正常结构被破坏，血液在局部异常聚集，逐渐形成肝血管瘤。这种末梢血管畸形可能是在胚胎发育后期或者出生后受到某些因素影响导致的血管结构异常。