治扁平疣较有效的方法包括药物治疗、物理治疗等。一般来说，药物治疗中常用的有维A酸类药物等，物理治疗包括冷冻治疗等。
药物治疗方面
外用药物： 维A酸类药物是常用的外用治疗扁平疣的药物，它可以调节细胞分化，起到改善症状的作用。比如0.1%维A酸软膏，可涂抹在疣体部位，但使用时要注意避免接触正常皮肤，可能需要连续使用数周才能看到效果。免疫调节剂： 还有一些免疫调节剂也可用于扁平疣的治疗，如干扰素凝胶，它可以通过调节机体免疫功能来发挥作用，但使用过程中可能会有局部轻度的刺激症状，如灼热、瘙痒等。
物理治疗方面
冷冻治疗： 这是比较常用的物理治疗方法之一。医生会用低温的液氮接触疣体，使疣体组织坏死脱落。一般一次冷冻可能不能完全去除疣体，可能需要多次治疗。冷冻治疗后局部会出现水疱、结痂等情况，要注意保持局部清洁干燥，避免感染，结痂后让其自然脱落，不要强行撕扯。激光治疗： 激光可以直接作用于疣体，将疣体烧灼掉。激光治疗相对来说速度较快，但术后也需要注意创面护理，避免沾水等，防止感染，而且激光治疗可能会留下轻微的色素沉着，不过随着时间推移大多可逐渐恢复。
日常注意事项
避免搔抓： 扁平疣具有传染性，搔抓疣体可能会导致自身接种，使疣体增多。所以要尽量避免用手搔抓患处，防止病情扩散。增强免疫力： 日常生活中要注意保持良好的生活习惯，保证充足的睡眠，一般建议成年人每天睡眠7 - 8小时左右，适当进行体育锻炼，如每周进行3 - 5次有氧运动，每次30分钟以上，以增强机体免疫力，有助于扁平疣的恢复。同时，饮食上要均衡营养，多摄入富含维生素和蛋白质的食物。