肛肠检查方式主要包括肛门部的视诊、肛管直肠的指诊、肛门镜或直肠镜检查等。
一、肛门部的视诊：这其实就是望诊，即通过正确的体位来进行观察。检查时会依据怀疑病种的不同而选取不同体位，通常较为方便的体位有侧卧位或者膝胸卧位。在确定合适体位后就可展开视诊。
二、肛管直肠的指诊：是用手指进行指诊，主要用于评判肛门括约肌的功能，查看是否存在括约肌痉挛、狭窄、松弛等状况，同时也能检查直肠内、肛管部位有无硬结、结节、肿物以及其他可触物等。
三、肛门镜或直肠镜检查：属于窥镜检查，能够观察直肠内部黏膜的具体情况，比如黏膜是否正常，有无充血、水肿、溃疡、息肉、肛乳头、痔疮等，这些都可以通过肛门部的窥镜检查来进行观测。
对于那些通过以上三种检查方法仍不能完全明确的疾病，在必要时可进一步进行B超、CT、磁共振、全结肠镜检查等。
总之，肛肠检查有多种方式，不同方式各有其侧重点和作用，可根据具体情况选择合适的检查来准确诊断肛肠疾病。