冠状病毒感染性肺炎的来源目前研究发现，其中严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）的来源被认为与野生动物有关，比如果子狸可能是中间宿主；中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）的来源推测与单峰骆驼有关。而新型冠状病毒（2019 - nCoV）的溯源研究表明，其可能来源于蝙蝠，中间宿主尚在进一步研究中。
从野生动物溯源角度
蝙蝠携带说： 蝙蝠是多种冠状病毒的自然宿主，它们可以携带众多类型的冠状病毒，自身却不易发病。研究发现，蝙蝠体内的冠状病毒在基因序列等方面与新型冠状病毒有一定的相似性，这为新型冠状病毒溯源到蝙蝠提供了重要依据。中间宿主推测： 对于新型冠状病毒来说，目前推测存在中间宿主。中间宿主在病毒从蝙蝠传播到人类的过程中起到了桥梁作用。科学家们正在不断深入研究，期望能准确找到这个中间宿主，从而更好地防控疫情传播。
从已知冠状病毒传播情况看
SARS-CoV的传播情况： SARS-CoV最初被认为是由果子狸将病毒传播给人类。在2003年的SARS疫情中，通过对野生动物市场等相关环境的调查和病毒基因测序等技术手段，发现果子狸体内存在与SARS-CoV高度同源的病毒，由此推测果子狸是SARS-CoV从蝙蝠传播到人类的中间宿主。MERS-CoV的传播情况： MERS-CoV主要来源于单峰骆驼。研究显示，骆驼体内携带MERS-CoV相关病毒，人类通过接触感染病毒的骆驼或者食用相关产品等途径可能感染MERS-CoV。
从病毒演化与传播机制分析
病毒演化方面： 冠状病毒在长期的演化过程中，不断适应不同的宿主。从蝙蝠到中间宿主再到人类，病毒在这个传播链条中会发生一系列的基因变异等演化过程，以更好地适应新的宿主环境。传播机制影响： 不同的冠状病毒由于来源宿主和中间宿主的不同，其传播给人类的具体机制也有所差异。比如SARS-CoV通过飞沫传播等方式在人与人之间传播，而MERS-CoV的传播机制也有其自身特点，这都与它们的来源和演化密切相关。