冠状病毒感染性肺炎的来源目前经科学研究表明，2019 新型冠状病毒（2019 - nCoV）的溯源调查显示，其可能来源于野生动物。有研究发现，此次疫情的病毒与蝙蝠中携带的冠状病毒基因序列有较高的相似度。
从动物宿主角度看
蝙蝠： 蝙蝠是多种冠状病毒的自然宿主，已发现多种蝙蝠携带与人类致病冠状病毒相关的病毒株。蝙蝠自身由于其特殊的免疫系统，能够长期携带病毒而不发病，但病毒有可能通过一定途径传播给其他动物。中间宿主推测： 目前有科学研究推测存在中间宿主，在疫情早期的调查中发现，华南海鲜市场中存在非法售卖野生动物的情况，其中可能有某种动物充当了病毒从蝙蝠传播到人类的中间宿主角色。例如，有研究指向穿山甲可能是潜在的中间宿主之一，研究发现穿山甲携带的冠状病毒与新冠病毒有一定的相关性，但还需要更多的研究来明确确切联系。
从传播途径角度分析来源关联
直接接触传播： 如果人类直接接触携带冠状病毒的野生动物，比如宰杀、处理被感染的野生动物时，就有可能通过破损的皮肤或者黏膜接触到病毒，从而感染上冠状病毒性肺炎。例如，在与携带病毒的野生动物近距离接触且防护不当的情况下，病毒就有机会进入人体引发感染。气溶胶传播： 在一些特殊的环境中，比如野生动物市场这类相对封闭且动物密度较高的场所，携带病毒的分泌物等可能形成气溶胶，人吸入含有病毒的气溶胶也可能导致感染。有研究表明，在某些特定的高风险环境中，气溶胶传播是存在可能性的，这也与野生动物携带病毒进而可能传播给人类相关联。
从病毒演化角度探究来源
基因演化方面： 新冠病毒的基因序列经过分析，其与已知的蝙蝠冠状病毒等有逐步演化的过程。通过对病毒基因的对比和进化树分析，可以看到病毒在从最初的自然宿主向人类传播过程中经历了一系列的基因变异等演化过程，这也从侧面反映出其来源与野生动物携带的相关病毒有着密切的联系，是在长期的演化过程中逐渐具备了感染人类并引发肺炎的能力。