冠状病毒感染性肺炎的感染源主要是新型冠状病毒感染的患者。研究表明，在潜伏期即有传染性，发病后5天内传染性较强。
动物源性感染源
蝙蝠：
蝙蝠是多种冠状病毒的自然宿主，例如严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）的源头被认为与蝙蝠有关。蝙蝠体内携带多种冠状病毒，具备将病毒传给其他动物甚至人类的潜在能力。
穿山甲：
有研究发现穿山甲携带的冠状病毒与新冠病毒有较高的同源性。2020年2月，中国科学院武汉病毒研究所等单位的研究人员在《自然》杂志上发表论文称，从穿山甲中分离出的冠状病毒与新冠病毒的基因序列相似度超过85%，提示穿山甲可能是新冠病毒的中间宿主之一。
人传人感染源
确诊患者：
新型冠状病毒感染的确诊患者是主要的人传人感染源。患者在咳嗽、打喷嚏、说话时产生的飞沫中含有病毒，近距离接触飞沫可导致感染。此外，患者的粪便等排泄物中也可能存在病毒，如果污染了环境，也可能造成传播。
无症状感染者：
无症状感染者也具有传染性，他们没有明显的临床症状，但体内携带病毒，同样可以传播病毒。有研究显示，部分无症状感染者在核酸检测中呈阳性，但其自身并未出现发热、咳嗽等典型症状，却能将病毒传播给他人，增加了疫情传播的风险。
环境传播相关感染源
污染的环境物体表面：
在一些密闭、人员密集且通风不良的场所，如医院、公交车、电梯等，新型冠状病毒可能会污染物体表面，如门把手、电梯按钮、公交座椅扶手等。健康人接触被污染的物体表面后，再触摸自己的口、鼻、眼等部位，就有可能感染病毒。例如，有研究发现，在新冠疫情期间，在某些被病毒污染的环境中，物体表面的病毒可以存活数小时至数天不等。
气溶胶传播：
在相对封闭的环境中，长时间暴露于高浓度气溶胶情况下存在经气溶胶传播的可能。比如在一些医疗机构的ICU病房等空间，由于患者病情较重，病毒排出量较大，空气流动不畅时，可能会形成含有病毒的气溶胶，人员吸入后就可能被感染。但一般来说，在通风良好、人员密度正常的公共场所，气溶胶传播不是主要的传播途径。