大便有出血且肛门疼时，应前往结直肠肛门外科或肛肠外科进行检查，以明确导致大便出血伴肛门疼痛的具体原因，并依据不同疾病采取不同处理方式，常见疾病如下：
一、痔疮：
1.若痔疮出血并伴有肛门疼痛，可使用痔疮膏和痔疮栓进行治疗，如马应龙痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏、复方角菜酸酯栓等。
2.痔疮出血时还可口服地奥司明、迈之灵以减轻静脉曲张、水肿情况，从而降低出血风险。
二、肛裂：若是陈旧性肛裂，往往需要手术治疗。
三、肛门肌肉问题：
1.肛门肌肉若有痉挛或失弛缓的状况，可能需要在肛门周围进行肉毒素注射、开展肛门解痉治疗。
四、肿瘤：
1.直肠和肛门的肿瘤，如直肠下端的直肠癌或肛管癌等，可能需要手术治疗。
2.若肿瘤处于晚期无法手术，则可能需要放疗或化疗等手段。
五、脓肿：直肠壁内脓肿、肛门周围脓肿引发的破溃、出血，此时可能也需要进行手术、引流等相关治疗。
总之，当出现大便出血伴肛门疼痛的情况，应及时就医检查明确病因，然后根据具体疾病类型采取针对性的治疗措施。