治疗结肠炎并没有绝对最好的药，需根据病情类型等选择。一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的，如柳氮磺吡啶，适用于轻中度溃疡性结肠炎，约50%左右的轻中度患者使用后能得到较好控制。
氨基水杨酸制剂类
5-氨基水杨酸制剂： 这类药物通过抑制前列腺素合成等发挥作用，能减轻炎症。比如美沙拉嗪，有口服剂型也有栓剂、灌肠剂等局部剂型。口服美沙拉嗪一般用于轻中度结肠炎患者，局部剂型如美沙拉嗪栓剂适用于直肠炎患者，能直接作用于病变部位。柳氮磺吡啶： 属于传统的氨基水杨酸制剂，价格相对较为亲民，但可能会引起恶心、呕吐等胃肠道不适，约20% - 30%的患者可能出现药物不良反应。
糖皮质激素
适用于中重度结肠炎： 如泼尼松、氢化可的松等。泼尼松常用于中重度活动期结肠炎，能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，像骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等，一般使用时间不超过3个月。氢化可的松可用于静脉给药，适用于病情较重、口服药物效果不佳的患者，不过静脉使用时需密切监测血压等情况。
免疫抑制剂
用于激素治疗无效或依赖的患者： 比如硫唑嘌呤，一般在使用糖皮质激素效果不好后考虑使用。硫唑嘌呤需要较长时间起效，通常用药3 - 6个月才能看到明显效果，而且可能会引起骨髓抑制等不良反应，用药期间需要定期监测血常规等指标。还有巯嘌呤，作用机制与硫唑嘌呤类似，也可能会有血液系统等方面的副作用。
生物制剂
针对重度难治性结肠炎： 如英夫利西单抗等。这类药物是针对肠道炎症的特异性生物制剂，对于传统药物治疗无效的重度结肠炎患者有较好疗效，但价格相对较高，而且使用过程中需要注意感染等风险，使用前需要进行严格的筛查，排除结核等感染性疾病。