治疗肠炎的药物有多种，其中益生菌类药物较为常用，比如枯草杆菌二联活菌颗粒，它能调节肠道菌群，一般可用于儿童肠炎等情况，有一定的改善肠道功能作用。
益生菌类药物：
枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。适用于因肠道菌群失调引起的肠炎等肠道疾病。双歧杆菌四联活菌片： 主要成分是婴儿双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌，可补充正常生理细菌，调整肠道菌群，对肠炎有一定的治疗作用，能改善肠道功能。
氨基水杨酸制剂：
柳氮磺吡啶： 常用于轻、中度溃疡性结肠炎的治疗，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可能是通过抑制前列腺素的合成来发挥抗炎作用，从而改善肠炎症状。但部分患者可能会出现恶心、呕吐等不良反应。美沙拉嗪： 也可用于肠炎治疗，尤其适用于溃疡性结肠炎。它可以抑制引起炎症的前列腺素的合成和炎性介质白三烯的形成，从而对肠道炎症起到抗炎作用。有片剂、栓剂等不同剂型，可根据病情选择合适剂型。
糖皮质激素：
泼尼松： 对于一些重度肠炎患者可能会用到。它具有强大的抗炎作用，能抑制免疫反应等，但长期使用可能会有较多副作用，如导致骨质疏松、抵抗力下降等，所以一般是在其他药物治疗无效等情况下短期使用。氢化可的松： 也可用于肠炎的治疗，尤其在急性发作期等情况。使用时需密切关注患者的反应及可能出现的不良反应，如可能引起水钠潴留、血糖升高等问题。
抗生素类药物：
诺氟沙星： 属于喹诺酮类抗生素，对于细菌感染引起的肠炎有一定作用。但需要注意，18岁以下青少年禁用，因为可能会影响骨骼发育。它通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用。阿莫西林： 属于青霉素类抗生素，如果肠炎是由敏感菌感染引起，且患者对青霉素不过敏时可使用。它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，但使用前需要进行青霉素皮试，阳性者禁用。