治结肠炎较好的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。一般来说，氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪常用于轻、中度结肠炎的治疗，它能在肠道局部发挥作用，缓解炎症。
氨基水杨酸制剂类
5-氨基水杨酸制剂： 这类药物是治疗结肠炎的常用药物，像美沙拉嗪就比较常用。它可以作用于结肠炎症黏膜，抑制炎症介质的产生，从而减轻结肠炎的症状，一般适用于轻度至中度的溃疡性结肠炎患者。柳氮磺吡啶： 也是常见的氨基水杨酸制剂，不过它的不良反应相对较多，比如可能会引起恶心、呕吐等胃肠道反应，而且对磺胺过敏的人不能使用。
糖皮质激素
泼尼松： 属于全身性的糖皮质激素，对于中重度的结肠炎有较好的抗炎作用。但长期使用可能会带来一些副作用，像骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等。氢化可的松： 可用于急性发作期的重度结肠炎患者，一般通过静脉给药的方式，能快速发挥抗炎作用，但同样要注意长期使用的不良反应。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的慢性活动性结肠炎患者。它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效比较慢，一般需要数月才能看到效果，而且可能会引起骨髓抑制等不良反应，用药期间需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于结肠炎的治疗，使用时也需要密切关注不良反应。
生物制剂
英夫利西单抗： 对于一些重度的、对传统治疗药物无效的结肠炎患者可以考虑使用。它是一种抗肿瘤坏死因子的生物制剂，能特异性地结合肿瘤坏死因子，从而发挥抗炎作用，但价格相对较高，而且可能会增加感染等风险。