子宫内膜异位症的发生与多种因素有关。目前认为，子宫内膜种植学说较为被认可，此外，免疫炎症反应、遗传因素等也可能参与其中。
种植学说相关因素
经血逆流： 女性在月经期间，子宫内膜碎片可随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢、盆腔腹膜等部位，从而引发子宫内膜异位症。据统计，约10% - 15%的育龄女性存在经血逆流现象，但其中只有少数人会发展为子宫内膜异位症。医源性种植： 剖宫产手术时，可能将子宫内膜组织带至腹壁切口处，术后切口处出现子宫内膜异位结节；还有人工流产手术等操作，也可能使子宫内膜组织种植到其他部位。
免疫炎症反应因素
免疫监视功能异常： 人体的免疫系统能识别并清除异位的子宫内膜组织，但当免疫系统出现异常时，如免疫监视功能下降，就无法有效清除异位的子宫内膜，导致其在盆腔等部位存活并生长，进而引发子宫内膜异位症。炎症因子作用： 异位的子宫内膜会刺激身体产生炎症反应，炎症因子会促进子宫内膜细胞的生长、黏附及血管生成等，进一步推动子宫内膜异位症的发展。例如，一些炎症相关的细胞因子会改变盆腔内环境，利于异位内膜的定植和生长。
遗传因素影响
家族聚集性： 子宫内膜异位症具有一定的遗传倾向，如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症，那么其他女性成员患病的风险会相对增加。研究发现，单卵双胎姐妹中一方患有子宫内膜异位症，另一方患病的概率可高达50%左右。这表明遗传因素在子宫内膜异位症的发病中起到了一定作用，但具体的遗传机制还在进一步研究中。