子宫内膜异位症的发生与多种因素相关。目前认为，子宫内膜异位症的发生主要与经血逆流、体腔上皮化生、免疫因素等有关。其中，经血逆流是较为被认可的因素之一，据统计，约10% - 15%的育龄女性存在经血逆流现象，但只有少数人会发展为子宫内膜异位症。
经血逆流因素
经血逆流途径： 女性在月经期间，子宫腔和输卵管相通，月经血会顺着输卵管逆流进入盆腔。子宫内膜细胞随经血逆流到盆腔后，有可能种植在盆腔的其他部位，比如卵巢、盆腔腹膜等，从而引发子宫内膜异位症。逆流内膜存活： 如果逆流到盆腔的子宫内膜细胞能够存活、增殖，就会在种植部位生长，逐渐形成异位病灶。不过，并不是所有逆流的内膜细胞都能存活，只有那些具备一定活性和适应盆腔环境能力的内膜细胞才有可能定植生长。
体腔上皮化生学说
体腔上皮转化： 人体的盆腔腹膜、卵巢表面等部位的上皮属于体腔上皮。在某些因素的刺激下，体腔上皮可能会化生为子宫内膜样组织。例如，长期的炎症刺激或者激素水平的变化等，都可能促使体腔上皮发生这种转化，进而发展为子宫内膜异位症。化生组织生长： 化生而来的子宫内膜样组织同样具有受激素影响的特性，在月经周期中会出现增生、出血等类似子宫内膜的变化，但由于生长在盆腔内不正常的位置，就会引发一系列症状和病变。
免疫因素影响
免疫监视异常： 正常情况下，人体的免疫系统能够识别和清除异位的子宫内膜细胞。但如果免疫系统出现异常，比如免疫监视功能下降，就无法有效清除逆流到盆腔的子宫内膜细胞，使得这些细胞能够在盆腔内定植生长。炎症反应参与： 免疫系统功能异常还可能引发盆腔内的炎症反应，炎症环境有利于子宫内膜细胞的存活和增殖。炎症因子会促进子宫内膜细胞的黏附、侵袭等过程，进一步推动子宫内膜异位症的发生发展。