三个月不来月经可通过多种方式治疗，包括检查、药物、手术等。具体如下：
一、检查：
1.若同房时未做好避孕措施而怀孕，可能导致月经不来，此时可前往医院进行抽血HCG和B超检查，以判断是否怀孕。
二、药物：
1.若三个月不来月经是因内分泌紊乱，可在医生指导下服用调经药物，如地屈孕酮片进行治疗。
三、手术：
1.若遭受物理化学损伤或感染，致使子宫颈黏膜粘连，引起子宫颈管狭窄或闭锁，也会导致月经不来，需遵医嘱及时采取宫颈扩张术或宫颈粘连分离术等方式进行处理。
三个月不来月经若伴有其他不适症状，还需到医院排查肺结核、肿瘤、甲状腺功能减退等疾病的可能性。
总之，当出现三个月不来月经的情况时，应根据具体情况选择合适的方法进行诊断和治疗，同时若伴有其他异常表现要及时排查相关疾病。