月经干净后第三天进行性行为是否会怀孕，主要与女性的月经周期和排卵情况有关。一般来说，月经干净后第三天属于安全期，怀孕的几率较小，但也不是绝对的。以下是一些可能的情况：
1.一般不会怀孕：如果女性的月经周期规律，排卵时间相对固定，月经干净后第三天通常还处于安全期，卵巢尚未排卵，子宫内膜也较薄，不利于受精卵着床，因此怀孕的几率较小。
2.可能怀孕：虽然月经干净后第三天属于安全期，但女性的排卵时间可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而提前或推迟，尤其是对于月经周期不规律的女性，排卵时间难以预测。此外，精子在女性体内可能存活数天，等待卵子受精，因此安全期避孕法并不可靠，不能作为一种常规的避孕方法。
3.其他情况：如果女性患有某些疾病，如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等，可能会导致排卵异常，即使在安全期也可能怀孕。
需要注意的是，每个人的身体状况和生理反应都有所不同，因此安全期避孕法并不适合所有人。如果没有怀孕的计划，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药、宫内节育器等。此外，安全期避孕法也需要正确使用，如计算安全期准确、使用避孕套正确等，以提高避孕效果。
对于月经周期不规律的女性，或者有怀孕需求的女性，建议咨询医生或专业的医疗机构，了解更多关于避孕和生育的知识，以便做出合适的决策。